La religión maya se centraba en el culto a un gran número de dioses de la naturaleza. Chac, dios de la lluvia, tenía especial importancia en los rituales populares. Entre las deidades supremas se hallaban Kukulkán, versión maya del dios azteca Quetzalcóatl ,Itzamá, dios de los cielos y el saber; Ah Mun, dios del maíz; Ixchel, diosa de la luna y protectora de las parturientas, y Ah Puch, diosa de la muerte. Una característica maya era su total confianza en el control de los dioses respecto de determinadas unidades de tiempo y de todas las actividades del pueblo durante dichos periodos.

Al firmamento lo consideraban dividido en trece capas o estamentos, en donde vivía y gobernaban cada uno de sus dioses. Estos eran los dioses del bien y de la luz.

Debajo de nuestro mundo, creían que existían también nueve capas que llamaban Bolontikú. Los dioses de "arriba" trabajaban para prodigar el bien y los de abajo para neutralizarlo.

La gente humilde y sin cultura, sostenía que el mundo era sostenido por un enorme lagarto que vivía en el agua, esta creencia no es validada por los sacerdotes y gente culta pues invalidaba el concepto de las nueve capas del inframundo. 

Los fenómenos de la naturaleza también eran deidades, así tenemos en primer lugar (e importantísimo) a Yum Chaac el dios de la lluvia, Ik el dios del viento y Yum Kak el dios del fuego.

Las actividades humanas también tenían sus dioses, Yum Kax era el dios de los campos y la agricultura, al dios de la guerra lo llamaban Ek Chuah, la sabiduría era representada por el dios Itzamná, la diosa del suicidio (en referencia a los sacrificios humanos) era Ix Tab y el dios de la muerte Ah Puch entre muchos otros.

A parte de estos dioses, cada día del mes (20) tenía su propia deidad al igual que cada mes del año (19).

Creían que el espíritu era inmortal y la vida en el más allá, dependía de la conducta mostrada en este mundo. Las almas buenas iban a reposar a la sombra de un enorme árbol que llamaban Yaxché (que es la ceiba) en donde reinaba la paz, la tranquilidad, abundaba la comida y la bebida, mientras los malvados se iban a un lugar más bajo que llamaban Metnal que es el "infierno" de grandes necesidades, hambre, frío, cansancio y tristeza y eran atormentados por el "demonio" al cual llamaban Hun-hau.  

Los sacerdotes:

Los sacerdotes tenían un importante papel en la sociedad maya, pues aparte de ser muy respetados por su sapiencia y categoría, eran consejeros de los máximos dirigentes. Tenían los conocimientos científicos, especialmente en astronomía, predecían los fenómenos celestes y llevaban la cuenta del tiempo en forma admirable, así mismo conocían el secreto de las complicadas escrituras de sus antepasados. 
No podían tener mujer y se sometían a rígidas disciplinas tales como la abstenciones y autosacrificios consistentes en largos ayunos, se sangraban la nariz, orejas, se perforaban las mejillas, la lengua, el pene etc. 

Cuando los mayas ofrecían a un ser humano en sacrificio a los dioses, decoraban su cuerpo con un pigmento azul intenso y muy resistente. Para asombro de los científicos a este compuesto, bautizado como Azul Maya, y usado también en murales y cerámicas, no le afectan ni el paso del tiempo.